Фонд Михаила Прохорова имеет ряд приоритетных долгосрочных проектов, которые осуществляет операционально, привлекая по мере необходимости партнерские организации или экспертов со стороны. Обычно это проекты, инициированные Фондом  и имеющие принципиальное значение для его деятельности в целом. .